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Malete - Primeros pasos

ATENCION: estas son unas notas informales tomadas en 2005, mientras aprendía a usar Malete. Aún falta transcribir una parte de ellas. Esto no está organizado como un HOWTO paso a paso para el recién llegado; es más bien una especie de bitácora donde registré los pasos que fui dando. Para generar un documento más útil habrá que reorganizarlo. —Fernando

Vamos a intentar describir paso a paso un primer encuentro con Malete.

Setup

Malete puede descargarse desde http://malete.org/Doc/DownLoad, y la versión más reciente (en marzo de 2008) es la 1.0.3. Obtenemos el archivo malete.1.0.3.tgz, y lo descomprimimos:

tar xzf malete.1.0.3.tgz

SUGERENCIA: al descomprimir debería crearse un directorio 'malete-version'.

Vemos que se crean cuatro directorios:

  • doc: aquí se encuentra la documentación; se trata de archivos de texto con una sintaxis al estilo wiki, a partir de los cuales se genera la versión HTML que está en el sitio web de Malete.
  • mlt: contiene el código fuente de Malete (archivos *.c y *.h), y el archivo Makefile.
  • php: aquí encontramos un par de demos y una biblioteca PHP que implementa funciones de lectura, escritura, consulta (query) e indización.
  • test: contiene dos bases de datos: cds (la tradicional base distribuida por Unesco), y unicode (una pequeña base para probar el uso de Unicode en Malete).

Cada base de datos dentro del directorio test está compuesta por tres archivos:

  • <db_name>.m0d: malete options (record 0) file (collation y qué más?)
  • <db_name>.mqt: malete query terms
  • <db_name>.mrd: malete record data

Es importante notar que se trata de archivos de texto.

En el directorio principal está el archivo README, que contiene unas indicaciones para que podamos comenzar a interactuar con Malete:

make -C mlt server

then check out php/demo.php
or telnet localhost 2042
and type (be careful to use a tab after the Q with queries!):
test.Q

test.Q

test.Q	water

test.Q	plant water?

test.Q	plant + dev$

test.Q

Se trata solamente de una sugerencia inicial, como para comenzar a familiarizarnos con el protocolo de comunicación usado por Malete. Seguiremos esas indicaciones, y veremos qué sucede.

Compilación

Comenzamos entonces con el comando

make -C mlt server

Esto invoca al programa make, y le pasa dos argumentos: la opción -C mlt le indica que debe leer el Makefile del directorio mlt, y el target server …? TODO: ver los otros targets en el Makefile.

Para que esto funcione, el sistema debe contar con las herramientas necesarias para llevar a cabo la compilación. Por ejemplo, en una instalación fresca de Ubuntu Dapper tuve que instalar dos paquetes:

sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install build-essential

Una vez concluida la compilación, el mensaje final es

listening on '*:2042'

El servidor Malete utiliza por defecto el puerto 2042.

Como resultado de la ejecución de make, se han creado varios archivos. Hay un nuevo directorio bin, del cual nos interesa especialmente el archivo ejecutable malete (273 KB).

Dentro del directorio test fueron creados estos 5 archivos:

  • test.m0d
  • test.mrd
  • test.mrx
  • test.mqd
  • test.mqx

Esta nueva base de datos, llamada test, es una copia de la base cds que vino con Malete. Más precisamente, los archivos test.m0d y test.mrd son copia respectivamente de cds.m0d y cds.mrd, mientras que

  • test.mrx se genera a partir de test.mrd
  • test.mqd se genera a partir de cds.mqt
  • test.mqx se genera a partir de test.mqd y test.m0d

La base de pruebas

Comparar con la base CDS de MicroIsis o WinIsis.

Podemos examinar la base cds con una herramienta conocida, el utilitario mx. Para ello, podemos crear una base Isis a partir de la base Malete. Previamente necesitamos recompilar malete para que trabaje con bases Isis en “formato Unix”, en lugar del “formato DOS” que usa por defecto:

$ export CDSUNIX=1
$ make -B -C mlt server  # -B fuerza una recompilación

Ahora exportamos la base cds, de Malete a Isis:

$ bin/malete cdsexp cds -ftest/
$ mx test/cds +control
*test/cds
 nxtmfn nxtmfb nxtmfp  t  reccnt mfcxx1 mfcxx2 mfcxx3    RC
   152    122    320   0    150      0      0      0      0
..

mx nos indica que hay 151 registros en la base, aunque el 151 no puede ser leído:

$ mx test/cds "pft=mfn,x2,v24(8,8)"/ from=148 now
000148  Personal statement
000149  For a training project based on programmed learning in the developing
        countries: objectives, means and resources, organization and
        management, development
000150  Micropolitan development: theory and practice of greater-rural
        economic development

fatal: recread/read

También hay problemas para leer el diccionario usando mx:

$ mx test/cds water

fatal: noderead/ock
$ mx dict=test/cds

fatal: noderead/ock

Examinemos la versión DOS de la misma base (desde wine).

$ export CDSUNIX=   # volvemos al default
$ make -B -C mlt server
$ bin/malete cdsexp cds -ftest/
$ wine /media/win1/cisis/5.2/1030/mx test/cds +control
*test/cds
 nxtmfn nxtmfb nxtmfp  t  reccnt mfcxx1 mfcxx2 mfcxx3    RC
   152    122     12   0    150      0      0      0      0
..
$ wine /media/win1/cisis/5.2/1030/mx test/cds "pft=mfn,x2,v24(8,8)/" now from=148
000148  Personal statement
000149  For a training project based on programmed learning in the developing
        countries: objectives, means and resources, organization and
        management, development
000150  Micropolitan development: theory and practice of greater-rural
        economic development
000151  Manuel pratique des assurances sociales

Notamos que en este caso mx nos muestra un registro 151, pero se trata de una copia (fantasma) del registro 101:

 $ wine /media/win1/cisis/5.2/1030/mx test/cds from=101
 mfn=   101
  24  «Manuel pratique des assurances sociales»
  26  «^aParis^bDOCIS^c1968»
  30  «^a1 v. (loose-leaf)»
  50  «Kept up-to-date»
  69  «<social security><legislation><France><guides>»
  71  «Documentation des institutions»
 ..x
 $ wine /media/win1/cisis/5.2/1030/mx test/cds from=151
 mfn=   151
  24  «Manuel pratique des assurances sociales»
  26  «^aParis^bDOCIS^c1968»
  30  «^a1 v. (loose-leaf)»
  50  «Kept up-to-date»
  69  «<social security><legislation><France><guides>»
  71  «Documentation des institutions»
 ..x

El error en el diccionario es el mismo.

La primera sesión

Tenemos pues nuestro servidor Malete escuchando en el puerto 2042. Vamos a ver qué sucede al establecer una conexión vía telnet. Para esto abrimos otra consola, y en ella:

$ telnet localhost 2042
Trying 127.0.0.1...
Connected to localhost.
Escape character is '^]'.

El servidor Malete está listo para escuchar nuestros mensajes.

Consulta vacía

Empecemos con test.Q, seguido por un doble Enter:

test.Q

La Q indica que estamos haciendo una consulta (query), y la ausencia de parámetros hace que se trate de un caso especial de consulta, la consulta vacía. Con esta consulta recuperamos todos los registros de la base (véase Protocol).

Malete nos responde de esta manera:

#       151     0       0
-9      1@0
44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
50      Incl. bibl.
69      Paper on: <plant physiology><plant transpiration><measurement and instruments>
24      Techniques for the measurement of transpiration of individual plants
26              aParis  bUnesco c-1965
30              ap. 211-224     billus.
70      Magalhaes, A.C.
70      Franco, C.M.
-8      2@336
44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
50      Incl. bibl.
69      Paper on: <plant evapotranspiration>
24      <The> Controlled climate in the plant chamber and its influence upon assimilation and transpiration
26              c1965
30              ap. 225-232     billus.
70      Bosian, G.

[Esos son los primeros 2 registros; siguen 18 más.]

La línea inicial de la respuesta,

#       151     0       0

es un comentario (lo sabemos pues comienza con '#'), que nos proporciona información acerca de la consulta realizada:

  • '151' es la cantidad estimada de registros restantes para la presente consulta, incluyendo los recién leídos.
  • '0' es el número de la consulta, que puede ser usado para referirse a ella desde futuras consultas; veremos que en sucesivas consultas este número va aumentando.
  • record id de truncamiento: si no es '0', es el record id donde la búsqueda fue truncada debido al límite de tamaño para el conjunto de resultados.

A continuación aparece el primer registro de la base test:

  -9      1@0
  44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
  50      Incl. bibl.
  69      Paper on: <plant physiology><plant transpiration><measurement and instruments>
  24      Techniques for the measurement of transpiration of individual plants
  26              aParis  bUnesco c-1965
  30              ap. 211-224     billus.
  70      Magalhaes, A.C.
  70      Franco, C.M.

Luego el segundo registro:

  -8      2@336
  44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
  50      Incl. bibl.
  69      Paper on: <plant evapotranspiration>
  24      <The> Controlled climate in the plant chamber and its influence upon assimilation and transpiration
  26              c1965
  30              ap. 225-232     billus.
  70      Bosian, G.

y así sucesivamente, hasta llegar al número 20.

Vemos que cada registro se inicia con una línea que comienza con un número negativo de la forma -n, donde n es la cantidad de campos del registro. Debe notarse que esa línea inicial es también un campo.

Cuando repetimos el mensaje test.Q (seguido, como en todos los casos, por doble Enter), obtenemos los siguientes 20 registros de la base test, comenzando por el 21:

test.Q

#       131     0       0
-8      21@6320
24      <The> Determination of the evaporation from the plant cover and the surface of the soil by relating lysimeter and soil moisture measurements to potential evaporation
26              c1965
30              ap. 461-465     billus.
44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
50      Incl. bibl.
69      Paper on: <evaporation><soil moisture><plant physiology><plant ecology><measurement and instruments>
70      Klausing, O.
-9      22@6741
44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
50      Incl. bibl.
69      Paper on: <water balance><water yield><forests><plant ecology><rain><run-off><Israel>
24      Water yields of forest, Maquis and grass covers in semi-arid regions: a literature review
26              c1965
30              ap. 467-477     billus.
70      Shachori, A.Y.
70      Michaeli, A.

[Siguen los registros hasta el 40.]

Vemos que la línea inicial de la respuesta, el comentario:

#       131     0       0

ahora nos indica que restan 131 registros (los primeros 20 ya los habíamos recibido), y el identificador de la consulta sigue siendo '0', pues seguimos solicitando resultados de la consulta anterior.

Consultas no vacías

Hagamos ahora una consulta no vacía, con el término water:

test.Q	water

#       14      1       0
0       4
0       5
0       10
0       11
0       12
0       13
0       14
0       16
0       22
0       24
0       25
0       43
0       52
0       57

Lo que hemos hecho es una búsqueda por el término “water”, y lo que vemos es una lista de los 14 record-id encontrados (record-id es equivalente al MFN de cds/isis). A diferencia del ejemplo previo, donde directamente recibíamos los registros completos, aquí solamente tenemos acceso a la lista de MFNs. Pero también podemos recuperar los registros:

 test.Q  water?
 
 #       14      2       0
 -9      4@1043
 44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
 50      Incl. bibl.
 69      Paper on: <hygrometers><plant transpiration><moisture><water balance>
 24      <An> Electric hygrometer apparatus for measuring water-vapour loss from plants in the field
 26              c1965
 30              ap. 247-257     billus.
 70      Grieve, B.J.
 70      Went, F.W.

[... siguen 13 registros más.]

El signo de interrogación ? divide la consulta en dos partes: a la izquierda la expresión de búsqueda, a la derecha un filtro. En este caso el filtro es vacío, pero la sola presencia del signo ? hace que el servidor Malete nos envíe los registros.

If no filter is specified (i.e. no '?'), only record ids are returned.

La siguiente consulta, de acuerdo con la sugerencia del archivo README, es:

test.Q  plant + dev$

#       26      3       0
0       2
0       3
0       5
0       6
0       8
0       21
0       25
0       27
0       86
0       87
0       100
0       111
0       114
0       118
0       124
0       127
0       128
0       130
0       131
0       132

De acuerdo con el comentario que encabeza la respuesta, hay 26 registros en el conjunto de resultados de nuestra consulta; como sólo recibimos los identificadores de los primeros 20 registros, enviamos un nuevo mensaje test.Q, sin indicar parámetros:

test.Q

#       6       3       0
0       133
0       134
0       141
0       147
0       149
0       150

Tal como habíamos visto más arriba al usar una consulta vacía, el mensaje test.Q no crea una nueva consulta (de ahí que el número de identificación siga siendo '3'), sino que continúa solicitando más resultados para la consulta actual, si los hay.

Si reiteramos el mensaje test.Q, ahora que ya hemos agotado los resultados para la última consulta, obtenemos:

test.Q

#       0       3       0

Repetimos la consulta plant water, esta vez sin el signo de interrogación final:

test.Q  plant water

#       2       4       0
0       5
0       25

(en lugar de obtener los 2 registros, como antes, ahora sólo vemos la lista de identificadores).

Hemos estado usando un único tipo de mensaje: Q (query message, mensaje de consulta). La forma de este mensaje (para nuestra base test) es:

test.Q[*TAB*query]

donde query es una expresión en el lenguaje de consulta de Malete (véase Query).

Lectura de registros

Además de recuperar registros a través de una consulta, podemos también solicitar al servidor Malete registros específicos en base a su id o MFN. Usamos para esto el mensaje R (read).

En este ejemplo, solicitamos el registro 4:

test.R*TAB*4
 
 W
 -9      4@1043
 44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
 50      Incl. bibl.
 69      Paper on: <hygrometers><plant transpiration><moisture><water balance>
 24      <An> Electric hygrometer apparatus for measuring water-vapour loss from plants in the field
 26              c1965
 30              ap. 247-257     billus.
 70      Grieve, B.J.
 70      Went, F.W.

Y en este otro ejemplo, solicitamos 2 registros comenzando por el 10:

 test.R*TAB*10*TAB*2
 
 W
 -12     10@2950
 24      Modifications to the relative turgidity technique with notes on its significance as an index of the internal water status of leaves
 25      20
 25      30
 25      40
 26              c1965
 30              ap. 331-342     billus.
 70      Slatyer, R.O.
 70      Barrs, H.D.
 44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
 50      Incl. bibl.
 69      <plant physiology><moisture><leaves>
 -9      11@3306
 44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
 50      Incl. bibl.
 69      Paper on: <plant physiology><water balance><pressure><hygrometers>
 24      Measurement of water stress in plants
 26              c1965
 30              ap. 343-351     billus.
 70      Kramer, P.J.
 70      Brix, H.

También podemos leer una secuencia arbitraria de registros, donde los MFN no necesitan ser consecutivos. Por ejemplo, aquí leemos los registros 3, 7 y 9:

 test.R
 0*TAB*3
 0*TAB*7
 0*TAB*9
 
 W
 -8      3@624
 24      Control of conditions in the plant chamber: fully automatic regulation of wind velocity, temperature and relative humidity to conform to microclimatic field conditions
 26              c1965
 30              ap. 233-238     billus.
 70      Bosian, G.
 44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
 50      Incl. bibl.
 69      Paper on: <plant physiology><moisture><temperature><wind><measurement and instruments><ecosystems>
 -9      7@2075
 44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
 50      Incl. bibl.
 69      Paper on: <plant physiology><carbon dioxide><chemical analysis><photosynthesis>
 24      Colorimetric determination of CO2 exchange in field and laboratory
 26              c1965
 30              ap. 291-298     billus.
 70      SlavÝk, B.
 70      Catsky, J.
 -7      9@2687
 44      Methodology of plant eco-physiology: proceedings of the Montpellier Symposium
 50      Incl. bibl.
 69      Paper on: <plant physiology><soil>
 24      <A> New type of porometer for measuring stomatal opening and its use in irrigation studies
 26              c1965
 30              ap. 325-329     billus.

Más recursos

malete_-_primeros_pasos.txt · Última modificación: 2009/05/05 00:00 (editor externo)