Los utilitarios CISIS son un conjunto de aplicaciones (entre 25 y 30, según la versión y la plataforma), que permiten la manipulación a “bajo nivel” de bases de datos ISIS. Mediante estas herramientas, es posible realizar algunas de las tareas para las que se utiliza MicroIsis o Winisis (e.g., búsquedas, generación del archivo invertido, modificación de datos, exportación/importación de archivos ISO 2709), así como muchas otras que estos programas no contemplan.

El utilitario de uso más frecuente es mx, debido a su variada funcionalidad. También se usan habitualmente:

• msrt, para ordenar archivos maestros,

• i2id e id2i, para convertir bases ISIS en archivos de texto, y viceversa,

• ifkeys, para obtener un listado de términos del diccionario.

• crunchmf y crunchif, para convertir archivos maestros e invertidos, respectivamente, de una plataforma a otra (e.g., de Windows a Linux).

• mxf0, para generar un informe sobre registros, campos y caracteres presentes en una base.

Estos utilitarios fueron desarrollados por Bireme, y su distribución es gratuita. El código fuente permanece cerrado.

A julio de 2007, la última versión disponible es la 5.2, con las siguientes variantes:

• Estándard (10/30). Maneja archivos maestros (.mst) con registros de hasta 32 Kbytes de tamaño — totalmente compatible con CDS/ISIS for Windows. Posee claves cortas de hasta 10 caracteres y claves largas de 11 a 30 caracteres.

• Claves grandes (16/60). Idem a la versión estándard, excepto por los tamaños de las claves. La clave corta puede tener hasta 16 caracteres y la clave larga de 17 a 60 caracteres.

• LIND (16/60). Idem a la versión de claves grandes, excepto por los recursos de búsqueda con restricción de campo, búsqueda por ocurrencia y por proximidad. Estos recursos fueron eliminados en favor del desempeño de la búsqueda y el tamaño del archivo invertido. Las extensiones de algunos archivos que componen el invertido fueron alteradas para permitir una fácil identificación.

• FFI (16/60). Idem a la versión LIND, excepto por el archivo maestro que fue alterado en su estructura de control para permitir registros de hasta 1 Mbyte de tamaño, tornándose incompatible con el de CDS/ISIS en cualquiera de sus versiones hasta esta fecha.